柯南在街头目睹一名正打电话的警察在雨中被射杀，忙将凶手追踪，但凶手逃脱。死者闭眼一刻紧抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南从目暮警官口中了解到紧抓左胸是暗示那里有警察手册。不久又有警察手拿警察手册被人射杀于地下车库。对于这两起案件，目暮警官等人一反常态不愿向毛利小五郎及柯南透露太多信息。毛利不甘心进一步追问，白鸟警官只答一句“Neednottoknow”。该话是警察之间所用的密语，意味这两起杀人事件与警察内部人士有关。柯南、小兰等人参加白鸟妹妹的婚宴，电突然间停掉，那刻小兰正与女警佐藤在洗手间。小兰拿起身边的手电筒欲照明时，一颗子弹射进佐藤身体，小兰吓昏过去。次日小兰醒来，却因怪责自己害佐藤挨枪失去记忆。目暮见事态越来越严重，将秘密说出，原来死去的两名警察正与佐藤一起重查一桩有关医生仁野自杀的案件，该案涉及到警察局长的公子。将局长公子假定为嫌疑人之一时，柯南亦想到佐藤被射杀后宴会上少掉的两个人。

大学生森里萤一与女神贝露丹蒂已经相识三年了，因为一句“我希望你这样的女神能够在我的身边”而结下契约的两人在一起过着幸福快乐的生活。可是，森里萤一与贝露丹蒂并非是毫无问题的伴侣。猫实工大自动车部新社员欢迎晚会上，喝醉的长谷川和萤一抱在一起的情景被贝露丹蒂看到。伤心的贝露丹蒂离开会场，而在校舍一角等候贝露丹蒂的人，竟然是贝露丹蒂的老师——瑟雷斯迪。瑟雷斯迪亲吻贝露丹蒂，消除了她关于森里萤一的记忆，并计划穿越门，来毁灭人类世界。陷入极端痛苦与无奈的萤一，能拯救世界，能拯救他与贝露丹蒂之间的羁绊吗？

天地混乱的混沌时代--有一块人和妖怪共存的土地，那里是文明和信仰之源--桃源乡。突然的异变和恐怖袭击了那土地，以往平稳生活着的的妖怪们失去了自我开始了暴走。异变的元凶是“将过去的大妖怪牛魔王给复活了”这件事。                                                                      由于在这个世界上被禁忌着的科学和妖术，现在牛魔王的复活要被完成了，负波动覆盖着大地。                                                                      看重这事态的天界，下达了请唐三藏去阻止牛魔王复苏实验的命令。同那不怕负波动的三人，孙悟空，沙悟浄，猪八戒一起前往遥远的西天·天竺国的旅行开始了。                                                                      与此同时，在天竺国吠登城里，牛魔王复苏实验的策划者张本人，牛魔王的情人玉面公主，向红孩儿下达了除掉三藏一行的抹杀令。红孩儿是牛魔王的儿子，为了救出被玉面公主诅咒封印起来的母亲，同仰仗他的心腹一起发起了挑战。                                                                      三藏他们能阻止牛魔王复苏实验，能使走向毁灭的桃源乡再次恢复和平吗？